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Comme la Taphonomie suit les processus d'une entité biologique depuis de mort jusqu'à la lithosphère, il convient de respecter le sens défini.
- En Archéologie, par exemple, où l'Homo est le Deus ex-machina, l'étude des carcasses et de ses os, avec ou sans stries dues à l'homme, entre dans l'étude taphonomique quand elle concerne l'entité à laquelle appartienne les os et l'homme n'est qu'un facteur d'altération, voire de fossilisation.
- Il y a une tendance à penser que la taphonomie produit un "gain" d'information, alors que les processus taphonomiques sont directement responsables d'une perte majeure d'information (jusqu'à plus de 85 %)- notamment au niveau taxinomique. Certes, l'interprétation paléoécologique et la reconstruction paléobiologique permettent de restituer des informations "perdues" à cause des processus taphonomiques. Ce gain du à la recherche scientifique, c'est sa fonction et son but !
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