Los Foronídeos ocupan un rango primordial en el árbol filogenético de los Metazoos: pertenecen al filo de los LOPHOPHORATA (o Tentaculata para los autores alemanes) con los les Braquiópodos et probablemente los Briozoos (Emig, 1977, 1997), aunque algunos autores consideran aun estos tres grupos como filos distintos que comparten la posesión de un lofóforo.

Los Foronídeos se distinguen de los otros Lofoforados por su cuerpo cilíndrico a vivir en un tubo que se puede comparar a la concha de los Braquiópodos a al exoesqueleto de los Briozoos.

Sin embargo, la validez del reagrupamiento et la posición en la filogenia de los Metazoos están aun en discusión (véase Emig, 1997) y como lo enseñan las Fig. 1 y Fig. 2. Los resultados recientes de la biología molecular son contradictorios con los caracteres filogenéticos morfológicos (véase Cohen & Weydmann, 2005, y Fig. 3). Así las hipótesis moleculares aproximan los foronídeos y los braquiópodos (quizás los Briozoos) con los Moluscos y Anélidos dentro de la línea de los Protóstomos por lo que tendrían un antepasado común, mientras que por su morfología los Lofoforados tienen caracteres de los Deuteróstomos, como la formación del blastoporo, del mesodermo, y de los cavidades celomáticas. Estas dos hipótesis opuestas constituyen un reto filogenético, y por eso, "morfólogos" y "molecularistas" tienen que reevaluar juntos muchos conceptos sobre la evolución de los caracteres de los Metazoos, utilizando el análisis cladístico.
Si la monofilia entre Phoronida y Brachiopoda ha sido demostrada, la posición de los Bryozoa necesita una confirmación mediante técnicas moleculares.

Nota: en diversas bases de datos genéticos, existen errores de identificación de los ejemplares - especies sinónimas, especies no válidas - lo que conduce a una mala interpretación de los resultados. A menudo, la compra de muestras en empresas que indican identificaciones no verificadas [ véase Databases y Emig et al. (2015) ].

Glenner et al.,2004	Phylum Brachiopoda Duméril, 1806 Subphylum Linguliformea Williams et al., 1996 Class Craniata Williams et al., 1996 Class Phoronata cl. nov. Class Lingulata Gorjansky & Popov, 1985 Subphylum Rhynchonelliformea Williams et al., 1996 Class Rhynchonellata Williams et al., 1996   Cohen & Weydmann, 2005
< ampliar Laumer et al., 2015