Les Phoronida occupent une place primordiale dans l'arbre phylétique des Métazoaires : ils appartiennent à l'embranchement des LOPHOPHORATA (ou Tentaculata pour les auteurs germaniques) avec les Brachiopodes et probablement les Bryozoaires (Emig, 1977, 1997), bien que certains auteurs considèrent encore ces trois groupes comme des embranchements distincts, alors que ces trois groupes sont les seuls à être pourvus d'un lophophore.

Toutefois, la validité de leur regroupement et leur place dans la phylogénie des Métazoaires est toujours discutée (voir Emig, 1997) comme le montre les Fig. 1 et Fig. 2. Les résultats récents de biologie moléculaire apparaissent souvent en contradiction avec les caractères phylogénétiques morphologiques (voir Cohen & Weydmann, 2005, et Fig. 3). Ainsi, les arguments moléculaires tendent à rapprocher les brachiopodes et phoronidiens (et peut être les bryozoaires) avec les mollusques et les annélides au sein de la lignée des Protostomiens, tandis que, morphologiquement, les trois groupes de lophophorates se situent dans les Deutérostomiens, à la base de la lignée des Chordés, avec les Hémichordées et les Echinodermes, dont ils constitueraient les ancêtres. Certains de ces caractères, notamment la formation du blastopore, du mésoderme et des cavités coelomiques, demandent à être réanalysés et leur état testé cladistiquement sur la base de la monophylie entre Phoronida et Brachiopoda, qui a été établie sur des caractères morphologiques et moléculaires.
Cependant, si Brachiopoda et Phoronida appartiennent à un même phylum, celui des Lophophorata, la position des Bryozoaires nécessite une confirmation basé sur l'outil moléculaire.

Nota: Dans diverses bases de données génétiques, il y a des erreurs d'identification des spécimens - espèces synonymes, espèces non-valides -, ce qui conduit a de fausses interprétations des résulats. Parmi les raisons, l'achat de spécimens auprès de sociétés commerciales qui indiquent des identifications non vérifiées [ voir Databases et Emig et al. (2015) ].

Glenner et al.,2004	Phylum Brachiopoda Duméril, 1806 Subphylum Linguliformea Williams et al., 1996 Class Craniata Williams et al., 1996 Class Phoronata cl. nov. Class Lingulata Gorjansky & Popov, 1985 Subphylum Rhynchonelliformea Williams et al., 1996 Class Rhynchonellata Williams et al., 1996   Cohen & Weydmann, 2005
< agrandir Laumer et al., 2015